Z racji uwięzienia bp. Czesława Kaczmarka (20 stycznia 1951 r.) do prezydenta Polski Bolesława Bieruta posłał list interwencyjny jedyny polski biskup, kard. Stefan Sapieha z Krakowa. W liście tym uprzejmie, ale dosadnie informował Bieruta, że aresztowanie Pasterza diecezji uważa za „cios wymierzony w wolność i prawa Kościoła katolickiego”, tym bardziej, że bp Kaczmarek miał wyjątkowe zasługi dla dobra społeczeństwa uciemiężonego w latach okupacji. Sam kard. Sapieha już wcześniej był zagrożony aresztowaniem przez komunistów, chociażby z powodu nadzoru nad Caritas kościelną. Z tej racji w Kurii krakowskiej pozostawił pisemne oświadczenie: „... gdybym był aresztowany, stanowczo niniejszym ogłaszam, że wszelkie moje złożone tam wypowiedzi, prośby i przyznania się są nieprawdziwe.... nie są one wolne i nie przyjmuję je za swoje”. Te słowa są zbieżne z wcześniejszym oświadczeniem kard. J. Mindszentego z Węgier, również więzionego przez komunistów.
Przez dwa miesiące po aresztowaniu bp. Kaczmarka, Prymas Stefan Wyszyński przebywał w Rzymie (5 kwietnia - 1 maja 1951 r.). Informował papieża Piusa XII o życiu Kościoła w państwie komunistycznym, o udrękach i uwięzieniu Biskupa kieleckiego. Doskonale znając wrogość komunistów do Kościoła, Papież szczególnie ubolewał nad cierpieniami bp. Kaczmarka. Episkopat Polski z obrad konferencji plenarnej w styczniu 1952 r., skierował list do prezydenta Bieruta w sprawie uwięzionego Biskupa kieleckiego. Wiedziano już wtedy, że przez przygotowywany proces „pokazowy” bp. Kaczmarka, władze rządowe organizują na przyszłość metody rozprawy z Kościołem katolickim w Polsce. W grudniu 1952 r. Prymas przeprowadził dłuższą rozmowę z posłem F. Mazurem, w której wskazał na długie przetrzymywanie Biskupa w więzieniu bez wyroku i żądał jego zwolnienia.
Po procesie bp. Kaczmarka (14-21 września 1953 r.), biskupi zebrani na konferencji w Częstochowie (21 września 1953 r.) przesłali do Rady Ministrów klarowny protest przeciwko zaliczaniu hierarchii do wrogów Polski. W imieniu Episkopatu, sam kard. Wyszyński podpisał protest. Prymas mówił biskupom o wielu słabościach w pracach Episkopatu, o niedostatecznej obronie więzionych i prześladowanych księży. Wypowiedział prorocze słowa, że woli więzienie niż przywileje, bo przez więzienie staje po stronie uwięzionych. Stanowczo żądano od Prymasa, by potępił osądzonego bp. Kaczmarka. Nie uczynił tego i został aresztowany. Pod presją reżimu, 22 biskupów zgromadzonych 28 września w Warszawie, w wydanej Deklaracji potępiło Ordynariusza z Kielc (fakty ujawnione na jego procesie), a milczeniem pominęło aresztowanie prymasa Wyszyńskiego. Przed opuszczeniem miejsca internowania w Komańczy, 26 października 1956 r., Prymas żądał od władz decyzji o powrocie bp. Kaczmarka do Kielc. Żądanie to przesądziło, że Ordynariusz kielecki wrócił do diecezji 5 kwietnia 1957 r.
W relacjach Biskupa kieleckiego z Prymasem ciekawe są lata przełomu 1959-1962. Kościół był wtedy szczególnie nękany przez ekipę Gomułki. Wtedy w obronie religii i praw Kościoła nieugięcie występował bp Kaczmarek. Za to został przez rządzących „pozbawiony funkcji” rządzenia diecezją. Rządzący mocno naciskali na Prymasa i Episkopat, by skłonił Biskupa z Kielc do opuszczenia diecezji. Prymas, z pewnością dla dobra Kościoła, listownie namawiał Ordynariusza z Kielc na czasowe opuszczenie diecezji. Bp Kaczmarek zdecydowanie opierał się presji rządowej i Episkopatu. Stał na stanowisku, że komunistom nie można ustępować. Według niego precedens usunięcia z diecezji jednego biskupa pociągnąłby usunięcie innych. Osobistym listem sam papież Jan XXIII utwierdził Pasterza kieleckiego w nieustępliwości wobec władz komunistycznych.
18 kwietnia 1963 r., podczas konferencji biskupów ordynariuszy w Warszawie, Prymas Wyszyński urządził dla bp. Kaczmarka srebrny jubileusz jego sakry biskupiej. W swoim przemówieniu Pasterz kielecki podsumował wtedy swoją posługę w diecezji w burzliwych latach okupacji i PRL.
Tymczasem zaczęła się jego śmiertelna choroba. Na początku lipca umieszczono go w szpitalu w Lublinie. Przez personel szpitalny przyjęty został ozięble, bez oznak życzliwości. Brak życzliwości pochodził z prasy, książek i filmów, które przez lata oczerniały Biskupa. W rekordowym czasie Biskup swoją bezpośredniością, prostotą, humorem i życzliwością zyskiwał u lekarzy, pielęgniarek i chorych przyjaźń oraz uznanie, przywracał dobrą opinię o sobie. W dniu swoich imienin cieszył się okazywaną mu dobrocią pod dachem „komunistycznego” szpitala. Ze szpitala złożył listownie imieninowe życzenia Prymasowi Wyszyńskiemu. 20 sierpnia Prymas odwiedził Biskupa w szpitalu. Z radością Pasterz opowiadał o tych odwiedzinach bp. E. Muszyńskiemu.
Bp Kaczmarek zakończył życie w uroczysty dzień Maryi Panny Jasnogórskiej - 26 sierpnia 1963 r. Dla wielu niezrozumiała była nieobecność Prymasa na pogrzebie Pasterza kieleckiego, przesłał jedynie telegram. Na pogrzeb nie przybyli też inni biskupi, zebrani w Częstochowie na konferencji. W pogrzebie uczestniczył jednak bp Karol Wojtyła, wikariusz kapitulny z Krakowa.
Przed śmiercią Prymas Stefan Wyszyński dwukrotnie nakłaniał ks. Stanisława Szymeckiego, obejmującego urząd biskupi w Kielcach, do oczyszczenia z zarzutów i do rehabilitacji bp. Czesława Kaczmarka, przez lata poniżanego i krzywdzonego w PRL. Otwartym pozostaje pytanie, czy bp. Kaczmarkowi przywrócono już dobre imię w społeczeństwie? Z pewnością słowa Prymasa Polski - kandydata na ołtarze, mają swoją wagę, a umęczony i nieugięty w latach PRL-u bp Czesław Kaczmarek zasługuje na wdzięczność i cześć w nowych, demokratycznych czasach.