Wrzosy do 1937 r. wchodziły w skład parafii pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Toruniu.

Ośrodek duszpasterski

Ciągły wzrost liczby mieszkańców oraz znaczna odległość do kościoła parafialnego położonego w centrum Torunia sprawiły, że powoli kiełkowała myśl założenia w tym miejscu samodzielnego ośrodka duszpasterskiego. 25 marca 1937 r. ordynariusz chełmiński bp Stanisław Wojciech Okoniewski wydał dekret w sprawie utworzenia nowej placówki duszpasterskiej na przedmieściach Torunia, na Wrzosach.
1 kwietnia 1937 r. pierwszym kuratusem samodzielnego ośrodka duszpasterskiego na Wrzosach został ks. Leon Dzienisz. Dotychczas pełnił on obowiązki wikariusza w Grudziądzu.
Nie jest znany osobny dokument zmieniający kurację na parafię. Na podstawie różnych dokumentów źródłowych widzimy, że niemal od początku używano w odniesieniu do kuracji terminu parafia, natomiast posługujący w niej kapłan nazywany jest najczęściej proboszczem.
Pierwsze miesiące istnienia ośrodka duszpasterskiego na Wrzosach nie były łatwe. Świadczy o tym dobitnie zachowany list bp. Stanisława Okoniewskiego do ks. Dzienisza. 2 czerwca 1937 r. ordynariusz diecezji postanowił: „Ze względu na zbyt szczupłe dochody pobierane przez WX Kuratusa z kościoła macierzystego N. Marii P. w Toruniu wyznaczam mu od 1 czerwca 1937 miesięcznej zapomogi w ilości 50 zł”.
Nie był to odosobniony przykład pamięci ze strony ordynariusza o nowo powstającej parafii. Zachował się także list bp. Okoniewskiego z 24 grudnia 1937 r., w którym zapraszał ks. Leona do Pelplina 27 grudnia. Celem wizyty miało być odebranie dla parafii kielicha oraz monstrancji.
Ks. Leon Dzienisz i nowa wspólnota duszpasterska stanęli przede wszystkim wobec wyzwania budowy kościoła oraz plebanii. Wymagało to znacznych inwestycji, a w związku z tym i zaplanowania różnych działań. Aby podjąć regularne duszpasterstwo, trzeba było pozyskać tymczasowe pomieszczenie, dlatego 15 listopada 1937 r. ks. Dzienisz zawarł umowę dzierżawy lokalu, który stał się tymczasową kaplicą.
Do końca 1937 r. wybrano patrona przyszłego kościoła. W tej sprawie zachował się list ordynariusza do ks. Dzienisza oraz jego odpowiedź. Bp Stanisław Wojciech Okoniewski pisał w liście datowanym na 1 grudnia 1937 r.: „Wzywam X. Kuratusa, aby mi doniósł odwrotnie, pod jakim wezwaniem poświęcony jest tamtejszy kościół. Jeżeli nie ma patrona kościoła, może by nadać kościołowi jako patrona św. Antoniego”.
U dołu listu odpowiedź swą umieścił ks. Dzienisz: „Jak najuprzejmie donoszę, że 30 XI br. wysłałem pocztówkę do ks. Kapelana, donosząc, że kościoła jeszcze w Wrzosach nie ma, a dla mającego się budować podałem, jak Jego Ekscelencja Najprzewielebniejszy Ksiądz Ordynariusz w piśmie z dnia 1 XII br. zaznaczył, św. Antoniego jako patrona kościoła”.
Nie znamy bliżej motywów wskazania takiego właśnie patrona. Z powyższego tekstu wynika, że był to wybór ks. Leona Dzienisza. Nie można wykluczyć, że obecność św. Antoniego jako patrona nowej parafii wynikała z faktu wydzielenia jej z dawnego ośrodka duszpasterskiego prowadzonego przez kilka wieków przez franciszkanów. Św. Antoni to przecież obok św. Franciszka główny święty tego zakonu, który od średniowiecza odbierał cześć także w toruńskiej świątyni.

Budowa świątyni

Krótko przed wojną wzniesiono na Wrzosach pierwszą w historii tej części Torunia świątynię. Jej poświęcenia dokonał w lipcu 1939 r. ks. kan. Leon Kozłowski, proboszcz parafii św. Jakuba w Toruniu. Stosownego zezwolenia udzielił mu ordynariusz chełmiński bp Stanisław Okoniewski. W 1939 r. parafia na Wrzosach liczyła 2165 wiernych. Spośród innowierców odnotowano tylko 8 ewangelików.

Podczas II wojny światowej

Na początki istnienia parafii przypadł trudny czas wojny. Z końcem sierpnia 1939 r. ks. Dzienisz udał się z posługą jako kapelan do wojska zgrupowanego pod Grudziądzem. Po kampanii wrześniowej powrócił do parafii. Nie dane mu było jednak długo w niej posługiwać. 19 października został aresztowany. Do parafii już nie powrócił. Początkowo był przetrzymywany wraz z innymi księżmi w toruńskim Forcie VII. Po gehennie kolejnych obozów koncentracyjnych ks. Dzienisz zginął prawdopodobnie 10 sierpnia 1942 r. w Dachau.
Po aresztowaniu ks. Dzienisza parafia na Wrzosach pozostała bez stałej opieki duszpasterskiej. Kościół zamknięto, a administrowanie parafii powierzono proboszczowi kościoła Najświętszej Maryi Panny w Toruniu ks. Franciszkowi Jankowi.
Plebania stała początkowo pusta, czasowo była zamieszkiwana przez osoby świeckie, aż w końcu urządzono w niej sklep spożywczy. Podczas działań wojennych na początku 1945 r. plebania została ograbiona i zdemolowana. W efekcie po zakończeniu wojny nie nadawała się do zamieszkania. Jeszcze gorzej sytuacja przedstawiała się z kościołem. Nie ucierpiał on podczas lat okupacji, jednak został zrujnowany podczas działań wojennych na początku 1945 r.

Odrodzenie parafii

Znaczne straty materialne spowodowały, że ośrodek duszpasterski na Wrzosach nie odżył po zakończeniu wojny. Sytuację pogarszał także brak księży. Diecezja chełmińska straciła podczas II wojny światowej blisko połowę księży. Kiedy mijały kolejne miesiące bez księdza i czynnego kościoła na Wrzosach, inicjatywę przejęli mieszkańcy. 3 maja 1946 r. zwołano wszystkich parafian. Powołano wtedy oficjalnie Komitet Odbudowy Kościoła św. Antoniego. Już 16 czerwca 1946 r. odbyło się poświęcenie odbudowanego kościoła. Z końcem sierpnia zakończono remont plebanii.
Uroczysty ingres nowego administratora parafii ks. Wacława Grabowskiego miał miejsce 21 września 1946 r. Posługę duszpasterską sprawował do 1958 r. Jego następcą był ks. kan. Franciszek Szmyt, który w 1986 r. odszedł na emeryturę.
Odbudowany w czasie wojny kościół wkrótce okazał się zbyt mały w stosunku do sukcesywnie rosnącej liczby parafian. Zachodziła potrzeba budowy nowego, znacznie większego. Zadanie to zostało powierzone ks. prał. Bogdanowi Górskiemu 1 września 1986 r. Projekt nowej świątyni wykonał architekt mgr inż. Czesław Sobociński z Torunia. W 1988 r. rozpoczęto prace budowlane. Zaplanowano wybudowanie kaplicy codziennej Mszy św., nazwanej później kaplicą Miłosierdzia Bożego, salek katechetycznych, części mieszkalnej dla księży. 22 czerwca 1993 r. biskup toruński Andrzej Suski dokonał wmurowania kamienia węgielnego i aktu erekcyjnego w powstającą świątynię. W 1998 r. rozpoczęto sprawowanie Mszy św. w nowym kościele będącym jeszcze w stanie surowym. Ks. prał. Bogdan Górski, budowniczy kościoła, zmarł 30 stycznia 2004 r.
W Wielki Czwartek 7 kwietnia 2004 r. bp Andrzej Suski nowym proboszczem parafii na Wrzosach mianował ks. Wojciecha Miszewskiego. Kolejne lata to przede wszystkim prace wykończeniowe. Autorem projektu wnętrza świątyni jest mgr inż. Andrzej Ryczek, mieszkający na stałe w USA. W kościele wyłożono marmurowo-granitową posadzkę, wstawiono nowe ławki, zbudowano ołtarze św. Antoniego, Matki Bożej Nieustającej Pomocy, św. Barbary, św. Joanny Beretty Molli, św. Ojca Pio. Zrealizowano projekt prezbiterium obejmujący duży, świecący krzyż, figurę Jezusa Miłosiernego, tabernakulum, ozdobne stalle, granitowy ołtarz główny, ambonkę, chrzcielnicę. Wykonano także stacje drogi krzyżowej, stalle dla służby liturgicznej, konfesjonały, epitafium pierwszego proboszcza ks. Leona Dzienisza, mozaikę Matki Bożej z Madaby, zakupiono wielogłosowe organy elektroniczne, wymieniono nagłośnienie i oświetlenie, wykonano drewniane rzeźby św. Jakuba, św. Józefa, św. Michała Archanioła, jak również granitową płaskorzeźbę Jezusa w Ogrójcu.
Kolejne prace przebiegały na zewnątrz i objęły m.in. elewację kościoła, ogrodzenie całej posesji. Na terenie kościelnym wybudowano kapliczkę Matki Bożej oraz pomnik bł. Jana Pawła II i bł. Matki Teresy z Kalkuty „Błogosławieni miłosierni”. Wyłożono większą część terenu wokół kościoła kostką granitową, położono granitowe schody kościoła, posadzono ozdobną roślinność.

W opracowaniu wykorzystano fragmenty tekstu Waldemara Rozynkowskiego pt. „75 lat parafii na Wrzosach” oraz Diecezja Toruńska. Spis parafii i duchowieństwa. Rok 2002, a także strony internetowej parafii pw. św. Antoniego w Toruniu