W przeszłości panowało przekonanie o harmonii nauki i wiary. Kopernik, Kepler, Newton, Boyle oraz wielu innych dostrzegali głęboką zgodność nauki i religii. Od połowy XIX wieku w nauce kształtuje się tendencja do marginalizacji Boga i rzeczywistości nadprzyrodzonej. Charles Renouvier oświadcza: „Ateizm to prawdziwa metoda naukowa”. A priori, rzekomo dla zachowania neutralnej postawy, modne staje się przyjmowanie perspektywy materializmu i naturalizmu. Materializm zakłada, iż jedyną rzeczywistością jest materia, naturalizm zaś opiera się na założeniu, iż przyroda jest wszystkim, co istnieje. Do tego dodano przesłankę radykalnego racjonalizmu, iż jedynym źródłem poznania jest poznanie rozumowe. Wykluczało to inne źródła poznania np. Objawienie. Zgodnie z tymi założeniami wielu uczonych przyjmuje postawę ateistyczną, przy czym można rozróżnić dwie wersje tego ateizmu: ateizm filozoficzny, który z założenia wyklucza definitywnie istnienie i działanie Boga, oraz ateizm proceduralny lub metodologiczny, który nie chce się wypowiadać się na temat istnienia i działania Boga, oraz deklaruje, iż nauka ogranicza się jedynie do badania dziedziny materialnej. Zwolennicy ateizmu filozoficznego zakładają, że wszechświat jest ciągiem przyczyn naturalnych oraz ze wszystkich sił wykluczają wszelkie teorie naukowe, które mogłyby potwierdzić ślady Boga w otaczającym nas świecie. Gotowi są przyjąć nawet najbardziej absurdalne teorie, o ile pozwalałyby wykluczyć działanie Boga. Na przykład, niektórzy przez wiele lat nie chcieli uznać teorii „Wielkiego Wybuchu”, który mógłby być uznany za akt stworzenia. Astronom i fizyk Lee Smolin pisał, że: „jeśli wszechświat narodził się w określonym punkcie czasu, to ten fakt zostawia otwartą furtkę dla powrotu religii”. Biolog Barry Palevitz stwierdza podobnie: „Wszelkie czynniki nadnaturalne, jako wyjaśnienie świata naturalnego, automatycznie wypadają poza nawias”.
