Nadal nie wiadomo, jak naprawdę toczyły się losy ks. Jerzego Popiełuszki od czasu porwania go do męczeńskiej śmierci. W środku grudniowej nocy 2002 r. Informacje Polsatu, po relacji z procesu gen. Ciastonia, wyemitowały materiał o odkryciu przez pracownika Instytutu Pamięci Narodowej w Lublinie dokumentów rzucających być może nowe światło na sprawę mordu na Kapłanie. IPN potwierdził oficjalnie, że nowi świadkowie w śledztwie zeznali, iż Ksiądz Jerzy mógł być wrzucony do Wisły 25 października 1984 r., a nie 19 października - jak przyjęto w wyroku sądu z 1985 r., skazującego zabójców - oficerów Służby Bezpieczeństwa.
Pion śledczy IPN w Lublinie bada, czy za zabójstwem ks. Popiełuszki przez SB mogły stać osoby wyżej postawione w hierarchii partyjno-państwowej. "Prokurator oddziałowej komisji IPN w Lublinie przesłuchał w charakterze świadków osoby opisujące obserwowane przez siebie zdarzenie w dniu 25 października 1984 r. w późnych godzinach wieczornych na tamie we Włocławku, które odpowiada wcześniejszym ustaleniom co do okoliczności wrzucenia przez sprawców ks. Popiełuszki do Wisły, choć świadkowie wskazują datę o sześć dni późniejszą aniżeli przyjęta w wyroku skazującym, wydanym w procesie toruńskim" - głosi komunikat prokuratora Andrzeja Witkowskiego z lubelskiego IPN.
Pojawiły się także liczne artykuły prasowe i komunikat w Internecie. Sprawa odżyła po wielu latach. Nadal pozostaje tajemnicą. A grozę musi wywoływać świadomość, że prawdą o fakcie można manipulować, a tajemne siły mogą wprowadzać w błąd nie tylko opinię publiczną, lecz także instytucje państwowe, które są odpowiedzialne za przestrzeganie prawa w państwie i dążenie do sprawiedliwości.
W niemal dokładnie 10. rocznicę męczeńskiej śmierci Księdza Jerzego, w 1994 r. Zbigniew Herbert przypominał, że czynności procesowe nie przyniosły odpowiedzi na wiele istotnych pytań. "Tak więc nie wiemy, i już się chyba nigdy nie dowiemy, kto kierował zbrodnią. Sędzia, uniewinniając Ciastonia i Płatka, w obszernym uzasadnieniu wił się jak piskorz; osobliwy ten prawnik dawał do zrozumienia, że mógłby skazać oskarżonych, gdyby w aktach sprawy znalazł się dokument w rodzaju: Rozkaz - zabić ks. Jerzego Popiełuszkę. Czytelny podpis i data".
Tylko patrzeć, a G. P. wyrośnie na nowego bohatera narodowego. Nie zdradził swych mocodawców, niósł mężnie brzemię swego czynu i losu, jak przystało na bohatera antycznej tragedii. Już w czasie pierwszego toruńskiego procesu budził zainteresowanie nie bardzo mieszczące się w normie. Pewna moja znajoma, skądinąd trzeźwo i dobrze myśląca, mówiła mi z podejrzaną emfazą, że G. P. jest bardzo przystojny, męski, opanowany oraz wystąpił w swetrze o barwie koralowej. Brodaty arystokrata i polityk Fredro-Boniecki spędził z nim, już po wyroku, kilka miesięcy w więzieniu, spożyli nawet razem wieczerzę wigilijną i - zdaje się - Fredro udzielił mu rozgrzeszenia. Szczyt popularności osiągnął G. P. dzięki Agnieszce Holland, która w filmie Zabić księdza pochyliła się, jak przystało na prawdziwą humanistkę, nad całą niedolą głównej postaci, zręcznie przy tym wiążąc wątek kryminalny z wątkiem erotycznym.
Tak więc G. P. stał się postacią intrygującą, nosicielem tajemnicy, osobowością wyjątkową i teraz już nikt - pod grozą, że zostanie okrzyczany prymitywem - nie powie, że jest on pospolitym mordercą, jakich wielu pracowało w ponurej firmie "Skrytobójca i spółka" (artykuł Ciemniak ukazał się po raz pierwszy w tygodniku Solidarność z 5 listopada 1994 r., nr 48, s. 5).
W tym samym tekście Z. Herbert zwraca uwagę na bardzo istotny problem: "Nie wiadomo natomiast, dlaczego nie starano się rozwikłać kapitalnego dla sprawy problemu: co działo się między ucieczką Waldemara Chrostowskiego a wrzuceniem do Wisły żyjącego jeszcze ks. Jerzego Popiełuszki. Ile upłynęło czasu między tymi dwoma zdarzeniami - godzina, dwie, trzy... Prawdopodobieństwo graniczące z pewnością każe przyjąć, że kapłan był długo torturowany. G. P. i jego pachołkowie zdawali sobie sprawę, że popełnili niewybaczalny błąd, pozwalając uciec jedynemu świadkowi. Co działo się między szosą a wybrzeżem Wisły? Zabić księdza można było jednym strzałem, a tu upływały godziny. G. P., chcąc zamazać swój błąd, przystąpił do zaimprowizowanego przesłuchania w lesie. Pragnął przywieźć księdza skruszonego, który wyrzekłby się swej antypaństwowej działalności, a może nawet przyrzekł współpracę. I na to torturowany ks. Jerzy Popiełuszko powiedział swoje wielkie, bohaterskie: Nie".
Takie rozważania snuł uważny i wnikliwy, a zarazem niezależny obserwator sytuacji w naszej Ojczyźnie.
Dlaczego sprawa odżyła pod koniec 2002 r.? Zapewne zakończenie procesu gen. Ciastonia umorzeniem sprawy, a nade wszystko obcięcie przez parlament dotacji dla IPN musiało spowodować ujawnienie przez pracowników tej bardzo potrzebnej naszemu narodowi instytucji, że jego pracownicy nie zasypiają gruszek w popiele, ale intensywnie pracują.
Jak zwykle dobrze poinformowany tygodnik Wprost pyta: - Jak naprawdę zginął ksiądz Popiełuszko? I konstatuje: "Tylko trzy fakty są pewne w sprawie zabójstwa ks. Jerzego Popiełuszki: data porwania (19 października 1984 r.), śmierć księdza i data wyłowienia ciała z wody (30 października 1984 r.). Wszystko inne zostało w różnym stopniu sfingowane lub zafałszowane. Dowodzą tego zeznania kilkudziesięciu świadków, których przesłuchali prokuratorzy IPN pracujący pod nadzorem prokuratora Andrzeja Witkowskiego. Z tych zeznań oraz z analizy dokumentów procesu toruńskiego (z 1984 r.), a także z nowych ekspertyz wynika, że w zbrodnię było uwikłanych kilkadziesiąt osób, a nie tylko cztery skazane w procesie. Kiedy milicja poszukiwała zwłok ks. Popiełuszki, kapłan najprawdopodobniej jeszcze żył. Wiele wskazuje na to, że zamordowano go tydzień po porwaniu. Przez ten czas był prawdopodobnie przesłuchiwany w jednym z bunkrów w Kazuniu. Możliwe, że skazani w procesie toruńskim Piotrkowski, Pękala i Chmielewski siedzieli już w areszcie, gdy w centrali SB dopiero podjęto decyzję o zabiciu księdza.
Uwolnienie ks. Popiełuszki mogłoby doprowadzić do oskarżenia znacznie większej liczby osób zaangażowanych w porwanie. Mogłoby też odsłonić metody działania grupy D, która składała się ze specjalnych komand z nieograniczonymi pełnomocnictwami. Czy zabicie kapłana uznano za mniejsze zło?" (por. Violetta Krasnowska, Sekcja śmierci, Wprost nr 51/2002).
Byliśmy przerażeni porwaniem, znęcaniem się nad Księdzem Jerzym. Głęboki lęk muszą budzić możliwości manipulowania faktami, by ukryć prawdę.
Wybitny pisarz polski Waldemar Łysiak nazwał ubiegły wiek "stuleciem kłamstwa". Początek nowego stulecia potwierdza tę nazwę ujawnieniem przynajmniej kilku kłamstw w jednej, ciągle bolesnej sprawie.