Urodził się w 1953 r. w żydowskiej rodzinie w dzielnicy Coney Island w Nowym Jorku. Jego ojciec był ogrodnikiem, a matka gospodynią domową. Chociaż nigdy nie ukończył studiów, pracował jako nauczyciel fizyki i matematyki w Dalton School, w dzielnicy Upper East Side na Manhattanie. W pracy poznał Alana Greenberga, menedżera „Bear Stearns” – słynnej nowojorskiej firmy inwestycyjnej. Greenberg był pod tak wielkim wrażeniem jego inteligencji, że zaoferował mu stanowisko młodszego asystenta w swojej firmie. Epstein bardzo szybko piął się po szczeblach zawodowej kariery, dlatego już w 1982 r., dzięki szerokim znajomościom w świecie finansów, mógł założyć własną spółkę finansową: J. Epstein & Co., która później przekształciła się w Financial Trust Company. Amerykańskie media przedstawiały Epsteina jako nowego Gatsby’ego, który zbudował swoją fortunę od zera, człowieka pełnego tajemnic, tak jak w większości nieznani byli jego klienci, którzy powierzali mu swoje kapitały, oprócz jednego – Lesliego Wexnera, właściciela firmy odzieżowej Victoria’s Secret. – Inwestuję w ludzi, niezależnie od tego, czy są to politycy czy naukowcy – powiedział kiedyś Epstein o swoich prestiżowych znajomych i klientach. Wśród ludzi zaprzyjaźnionych z finansistą byli Bill i Hillary Clintonowie, a także brytyjski książę Andrzej, brat księcia Karola. Wśród jego znajomych był również obecny prezydent USA Donald Trump.