Przyszły duszpasterz Kościoła łódzkiego urodził się w 1950 r. w Tomaszowie Mazowieckim. Lata dzieciństwa i młodzieńcze związał z Liturgiczną Służbą Ołtarza w parafii Najświętszego Serca Jezusowego. W wieku 18 lat, po ukończeniu II Liceum Ogólnokształcącego im. Stefana Żeromskiego w Tomaszowie Mazowieckim i zdaniu matury, wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego w Łodzi. Święcenia kapłańskie przyjął 2 czerwca 1974 r. z rąk ówczesnego ordynariusza diecezji łódzkiej bp. Józefa Rozwadowskiego.

Po przyjęciu święceń prezbiteratu rozpoczął posługę duszpasterską jako wikariusz w parafii Matki Boskiej Częstochowskiej w Ksawerowie. Równocześnie studiował prawo kanoniczne w Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie. Po uzyskaniu tytułu magistra wyjechał na dalszą naukę na Papieskim Uniwersytecie Gregoriańskim w Rzymie. W 1981 r. uzyskał stopień naukowy doktora z zakresu prawa kanonicznego.

Po powrocie do Polski był związany z pracą w Kurii Biskupiej, jako notariusz i sędzia w Sądzie Biskupim. Od 1983 r. był wykładowcą prawa kanonicznego i prowadził lektorat z języka łacińskiego w Wyższym Seminarium Duchownym w Łodzi. Wykładał także w Instytucie Teologicznym i filii Akademii Teologii Katolickiej, a następnie Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego. W latach 1987-93 pełnił funkcję prorektora Wyższego Seminarium Duchownego w Łodzi, a następnie – do 2000 r. – rektora. W tym samym okresie był także redaktorem naczelnym Łódzkich Studiów Teologicznych.

Nominację biskupią ks. Pękalski otrzymał 11 grudnia 1999 r. ze stolicą tytularną Castello di Tingizio. Święceń biskupich udzielił mu 8 stycznia 2000 r. abp Władysław Ziółek w asyście abp. Janusza Bolonka (pochodzącego z archidiecezji łódzkiej nuncjusza apostolskiego w Urugwaju) i bp. Adama Lepy.

Pontyfikat bp. Pękalskiego w pełni odzwierciedlają słowa jego biskupiego zawołania: Omnibus omnia (Wszystkim dla wszystkich). Nawiązuje ono do posługi apostolskiej św. Pawła, a przede wszystkim jego poświęcenia i oddania się w pełni głoszeniu Ewangelii oraz wezwaniu do nawrócenia. Przez dotychczasowy 22-letni okres posługi biskupiej w Kościele łódzkim dał się poznać jako kapłan wielkiej wrażliwości. Świadczy o tym pasja bp. Pękalskiego do sakramentu pokuty i pojednania. Jeszcze jako rektor łódzkiego seminarium często opuszczał mury uczelni, by udać się do pobliskiej katedry, usiąść w konfesjonale i wysłuchać spowiedzi. Znamienne jest, że przed przyjęciem sakry biskupiej przez kilkadziesiąt minut udzielał tego sakramentu. W swej posłudze zawsze prezentował postawę szukania dobra w drugim człowieku.

Posługę bp. Pękalskiego naznacza bezpośrednie towarzyszenie wiernym w ich codziennym życiu. Odbywa się to m.in. poprzez wizytacje kanoniczne w parafiach, przewodniczenie odpustom oraz innym wydarzeniom, m.in. każdego roku sprawuje noworoczną Mszę św. o północy w sanktuarium Najświętszego Imienia Jezus oraz przewodniczy uroczystej Mszy św. rezurekcyjnej w parafii Matki Boskiej Jasnogórskiej w Łodzi.

Obecnie bp Pękalski jest wikariuszem generalnym, moderatorem kurii metropolitalnej, przewodniczącym Wydziału ds. Personalnych, członkiem Rady Kapłańskiej, Duszpasterskiej i Kolegium Konsultorów oraz postulatorem ds. wyniesienia na ołtarze sługi Bożej Stanisławy Leszczyńskiej. W Konferencji Episkopatu Polski jest członkiem Rady ds. Ekumenizmu, Komisji ds. Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów.