W trzeciej części Małych agentów reżyser Robert Rodrigues ukazuje kolejne przygody małych bohaterów, którzy wykonują nową ekscytującą misję. Dzieci dorastają, lecz nadal lubią bawić się w agentów.
Carmen, starsza z rodzeństwa, zostaje wciągnięta do niebezpiecznej gry wideo, stworzonej przez szalonego i żądnego władzy Toymakera, granego zabawnie przez gwiazdora Sylwestra Stallone. Młodszy brat pośpiesza jej z pomocą. Zanim uratuje siostrę, zmuszony do dynamicznej walki, przeżywa liczne przygody. W końcu dopada dyktatora...
Film przypomina nieco polskie swojskie obrazy o Panu Kleksie, w których dzieci z pomocą dobrodusznego brodatego wujaszka ratowały świat przed kolejnymi złoczyńcami. Amerykańscy producenci mają jednak do dyspozycji lepszą technikę od polskiej, dlatego też w Małych agentach 3D, oglądamy niesamowite efekty komputerowe połączone z technologią trójwymiarową. Pościgi w głębokich tunelach i pojedynki z kolejnymi stworkami będą zapierać zapewne dech w piersiach dziecięcej widowni. Reżyser nadał filmowi formę lekkiej zabawy i parodii popularnych filmów sensacyjnych, połączonej z dydaktycznym morałem. Aktorzy podporządkowali się tej formie, czego najlepszym przykładem jest Sylwester Stallone, który parodiuje samego siebie w drugoplanowej roli.