Klęska powstania styczniowego z 1863/64 r. wywołała olbrzymią falę represji władz rosyjskich w stosunku do jego uczestników i całego Narodu Polskiego. W powstaniu zginęły dziesiątki tysięcy Polaków, ok. 38 tys. zesłano na Sybir, ok. 10 tys. udało się na emigrację. Tereny objęte powstaniem poniosły duże straty materialne. Skonfiskowano 1660 majątków uczestników powstania, z czego 509 przekazano dygnitarzom rosyjskim. Pozostałe majątki - aż do 1897 r. musiały płacić kontrybucję wojenną w wysokości 10% dochodów.
Po stłumieniu powstania rozpoczęła się systematyczna rusyfikacja naszych ziem. Szkolnictwo, urzędy administracyjne, skarbowe, pocztowe i sądownicze zaczęto urządzać według wzorców rosyjskich. Język rosyjski obowiązywał jako urzędowy. Na wyższe stanowiska administracyjne mianowano wyłącznie Rosjan. Nazwa Królestwo Polskie została zmieniona na Priwislanskij Kraj. Na jego terenie, z niewielkimi przerwami, do 1914 r. obowiązywał stan wojenny.
Represjom poddano również Kościół katolicki, który władze uznały za siłę sprawczą powstania oraz z racji czynnego udziału w nim duchowieństwa. Skonfiskowano większość jego dóbr, zamknięto kilka seminariów duchownych. W latach 1864-66 skasowano 132 klasztory, w tym również w Radecznicy i Krasnobrodzie, 4 bazyliańskie i 3 żeńskie. Władze zlikwidowały wszystkie nowicjaty, z wyjątkiem nowicjatu sióstr szarytek. Prześladowano biskupów i księży. Kilkunastu z nich ukarano śmiercią, wielu wywieziono w głąb Rosji, w tym arcybiskupa warszawskiego Zygmunta Szczęsnego Felińskiego. W 1870 r. nie było na terenie Królestwa Polskiego ani jednego biskupa diecezjalnego w swojej diecezji.
5 lat później wydano dekrety nakazujące unitom przejście na prawosławie. Oporni byli prześladowani, zsyłani w głąb Rosji, a nawet mordowani. Szereg kościołów unickich na naszym terenie zamieniono na cerkwie prawosławne np. w Biłgoraju (obecnie św. Jerzego), Lipinach, Majdanie Starym, Biszczy, Księżpolu, Luchowie Górnym, Obszy, Różańcu, Zamchu, Topólczy, Trzęsinach, Tereszpolu, Radecznicy, Grodysławicach, Gródku, Krynicach, Łosińcu, Jarczowie, Majdanie Sopockim, Podhorcach, Rachaniach, Tarnawtce, Czartowcu, Perespie, Sahryniu, Gdeszynie, Zamościu (obecny kościół Ojców Redemptorystów) Łaziskach, Horyszowie Polskim, Potoczku, Szewni Dolnej, Kosobudach, Lipsku, Suchowoli, Horyszowie Ruskim, Miączynie, Świdnikach, Teratynie, Tuczępach, Zawalowie, Czerniczynie, Szpikołosach.
Władze krępowały Kościół w jego misji poprzez zakaz głoszenia kazań bez uprzedniego ich napisania i aprobaty przez władzę diecezjalną oraz poruszania w nich wątków społeczno-politycznych, co przyczyniło się do upadku kaznodziejstwa. Duchowni bez pozwolenia władz nie mogli opuszczać terenu parafii, w której pracowali. Zmienił nieco sytuację tzw. ukaz tolerancyjny z 17 kwietnia 1905 r. Gwarantował on wolność sumienia, stwarzał możliwość otwierania szkół i ochron katolickich. Jednak za literą ukazu nie szła praktyka władz, które utrudniały katechizację, remonty i budowę nowych kościołów, stawiały przeszkody unitom, którzy z prawosławia wracali do katolicyzmu, co dotyczyło także wielu mieszkańców Zamojszczyzny. Po kilkudziesięciu latach biskupi mogli odbyć wizytacje kanoniczne parafii. Dla wiernych były tak wielkim przeżyciem, że upamiętniano je licznymi pomnikami, które jeszcze dzisiaj możemy zauważyć w wielu miejscowościach.
Prześladowany Kościół katolicki odgrywał wielką rolę w życiu narodu pozbawionego suwerenności i struktur państwowych. Jego rolę doceniali i podkreślali nawet ludzie programowo mu niechętni jak np. Aleksander Świętochowski. Także inni pozytywiści polscy, jakkolwiek dystansujący się od tradycyjnej religijności obozu szlachecko-narodowego, Kościół i religię katolicką uważali za czynnik cementujący naród w obliczu rusyfikacji i germanizacji. Zaprzeczali, jakoby z pozytywizmem związany był materializm, a wielu z nich było ludźmi głęboko wierzącymi. Wyraz temu dał w 1868 r. ks. Franciszek Krupiński. „Jesteśmy przekonani - pisał - że można być pozytywistą, nie będąc ani ateistą, ani materialistą, ani fatalistą”.
Również Bolesław Prus zdawał sobie dobrze sprawę z jego znaczenia w życiu narodu. „Jeżeli przypomnimy sobie - pisał w Szkicu programu w warunkach obecnego rozwoju społeczeństwa (1883 r.) - że kodeks reguluje stosunki ludzkie tylko ze stanowiska interesów, że sądy mają do czynienia tylko z faktami, podczas gdy religia nieustannie przemawia w imię miłości powszechnej, w imię Boga, że oddziaływa wprost na serca ludzi, że uszlachetnia je wzniosłymi ideałami, to potrzeba bardzo ograniczonego człowieka, aby nie przyznał, że rola kościoła jako organu regulującego jest czcigodna i niezmiernie ważna”. Wychodząc z takich przesłanek, niejednokrotnie dawał wyraz swojego przywiązania do religii i Kościoła.