Na wstępie papież pogratulował arcybiskupowi Panamy - José Domingo Ulloa Mendieta, że "po prawie siedmiu latach może się spotkać tutaj ze swoją «małżonką», tym kościołem-wdową, która czekała tyle lat i która dzisiaj przestała być wdową, gdyż spotkała się ze swoim oblubieńcem - arcybiskupem". "Chcę podziękować wszystkim, którzy przyczynili się do odnowy katedry, władzom, wiernym i tym, którzy pomogli aby arcybiskup mógł spotkać się ze swoim ludem nie w jakimś pożyczonym domu, ale we własnym domu - katedrze" - powiedział Franciszek, a jego słowa wywołały gromkie brawa.

W homilii nawiązał do czytanego podczas tej Mszy opisu dialogu Pana Jezusa z Samarytanką przy studni w Sychar (J, 4). Kaznodzieja zauważył, że w scenie tej widzimy Jezusa utrudzonego chodzeniem, który musiał zaspokoić i ugasić pragnienie, odświeżyć swe kroki, odzyskać siły, by kontynuować misję. Podobnie utrudzenie mogą przeżywać narody i ludy, wspólnoty i poszczególne osoby, w tym kapłani. Jego przyczyny mogą być wielorakie. Papież podkreślił, że w każdej z sytuacji wypalania się osób konsekrowanych konieczne jest znalezienie „studni, która mogłaby zaspokoić i ugasić pragnienie oraz zmęczenie po przebytej drodze. Wszystkie domagają się, jak milczące wołanie, jakiejś studni, od której można zacząć od nowa”.

W tym kontekście Ojciec Święty wskazał na zjawisko „znużenia nadziei”, kiedy w obliczu przyszłości „rzeczywistość «wymierza policzki» i podważa siły, środki i wykonalność misji w tym tak zmieniającym się i stawiającym pytania świecie”. Zauważył, że jest to zmęczenie paraliżujące a rodzi się ono z patrzenia w przyszłość, nie wiedząc, jak zareagować na intensywność i niepewność przemian, które przeżywamy jako społeczeństwo a także subiektywnego poczucia, jakby Bóg był daleko i opuścił swój Kościół. Grozi to zadomowieniem się w życiu duchownych szarego pragmatyzmu, ale także przekonania, że Bóg i Kościół nie mają nic do powiedzenia ani dania temu nowemu rodzącemu się światu. „A wówczas zdarza się, że to, co pewnego dnia zrodziło się jako sól i światło świata, w ostateczności oferuje swoją najgorszą wersję” – przestrzegł Franciszek.

Zwrócił uwagę, że lekarstwem na to znużenie nadziei jest powrót do źródła, odczytanie na nowo charyzmatów, jakimi Bóg obdarzył swój Kościół. „Chodzi o to, by nie tylko spoglądać z wdzięcznością na przeszłość, ale iść w poszukiwaniu korzeni: źródła inspiracji i pozwolić, by ponownie mocno zabrzmiały pośród nas” – stwierdził Ojciec Święty. Dodał, że pozwala nam to żyć bez lęku. „To ważne, by żyć bez lęku, odpowiadać życiu z entuzjazmem osoby zaangażowanej w historię, osadzonej w niej. Chodzi o entuzjazm osoby zakochanej” – powiedział mówca.

Zachęcił, by powracać do miejsca pierwszej miłości oraz dziedzictwa poprzedników, nie użalając się nad sobą, „aby spotkać oczy, którymi dzisiaj Chrystus nadal nas poszukuje, wzywa i zachęca do misji”.

Nawiązując natomiast do odnowienia katedry i konsekracji ołtarza Ojciec Święty podkreślił, że świątynia ta nie należy już tylko do przeszłości, ale jest pięknem teraźniejszości, staje się podstawą dla budowania piękna jutra. „Bracia, nie pozwólmy, by ukradziono nam piękno, które odziedziczyliśmy po naszych ojcach! Niech będzie ono żywym i owocnym korzeniem, który pomoże nam nadal czynić piękną i proroczą historię zbawienia na tych ziemiach” – powiedział Franciszek na zakończenie swej homilii.

Następnie po odśpiewaniu Litanii do Wszystkich Świętych Franciszek umieścił w ołtarzu relikwie czworga świętych: Marcina de Porresa i Róży z Limy - pierwszych rodzimych świętych ziemi amerykańskiej, Oskara Romero - arcybiskupa-męczennika z Salwadoru oraz patrona młodzieży i ŚDM - Jana Pawła II. Relikwie świętego papieża Polaka, podarowane przez kard. Stanisława Dziwisza, przywiózł do Panamy jego następca, metropolita krakowski abp Marek Jędraszewski. Papież namaścił ołtarz olejami świętymi i okadził. Potem klerycy i inne osoby posługujące w kościele (w tym kobiety) nałożyły na mensę ołtarzową kilka warstw obrusów, po czym uroczyście go oświetlono i zapalono świece.

Dziękując Ojcu Świętemu abp Ulloa Mendieta zwrócił uwagę, że "dziś otwieramy nową kartę w dziejach ludu Bożego w Panamie, w tej bazylice katedralnej, poświęconej Maryi «La Antigua», w której działy się ważne wydarzenia życia kościelnego i krajowego". Podkreślił, że Kościół katolicki mocno się wpisał w historię narodu a ta świątynia była świadkiem tej drogi, na której "doznaliśmy wiele radości i smutków, ale przede wszystkim nadziei".

Biskupi jako następcy biskupów w łączności z Wikariuszem Chrystusa "są przekonani i zobowiązani do towarzyszenia mu w tym procesie nawrócenia, którego potrzebuje Kościół, aby odzyskać oblicze prawdziwego Kościoła Jezusowego: miłosiernego, bliskiego, przyjmującego, służącego, ubogiego dla ubogich, aby był domem przyjęcia i wspólnoty dla wszystkich, bez wykluczania kogokolwiek" - mówił dalej arcybiskup.

Podkreślił, że "w tej bazylice katedralnej Matki Bożej «La Antigua» jest obecny Kościół katolicki, będący wyrazem ludu, który przyjął wiarę 505 lat temu z rąk Maryi Panny. Jest to wiara, którą chcemy odnowić przed Następcą Piotra, Wikariuszem Chrystusa, aby powiedzieć jak Maryja: «Oto ja służebnica Pańska, niech mi się stanie według Słowa Twego»".

Arcybiskup zapewnił papieża, że nie jest sam "w tym procesie odnowy i nawrócenia" i może liczyć na wierność i modlitwy Panamczyków. Na zakończenie wręczył mu w darze obraz argentyńskiego kardynała kurialnego Eduardo Pironio (1920-98).

Obok arcybiskupa Panamy Mszę św. koncelebrowali kardynałowie: Óscar Andrés Rodríguez Maradiaga, arcybiskup Tegucigalpy w Hondurasie i Leopoldo José Brenes, arcybiskup Managui w Nikaragui.

W uroczystej Eucharystii uczestniczyli m. in.: prezydent Panamy, Juan Carlos Varela z rodziną, przedstawiciele rządu i władz miasta.

Z katedry papież pojechał do archidiecezjalnego seminarium św. Józefa, gdzie zje obiad wspólnie z młodymi reprezentantami wszystkich kontynentów, uczestników Światowych Dni Młodzieży.

Archikatedra w Panamie, zadedykowana Matce Bożej Starszej (Santa María la Antigua), jest pierwszą katedrą wybudowaną na stałym lądzie obu Ameryk. Znajduje się w historycznej dzielnicy miasta - Casco Antiguo. Przechowywana jest w niej słynąca łaskami figura Matki Bożej Starszej - patronki Panamy.

Czynna od 1688 r. świątynia jest jedną z największych katedr w Ameryce Środkowej i została wpisana na listę światowego dziedzictwa kulturowego UNESCO. W ostatnich latach przeszła gruntowny remont zarówno wnętrza, jak i na zewnątrz. Według urzędu prezydenckiego Panamy koszt prac remontowych oraz wystroju świątyni wyniósł ok. 10,5 mln euro. Kolejne ok. 4 mln euro musiał zapłacić komitet ds. remontu i Kościół.