13 maja 1981 roku miał miejsce zamach na życie Jana Pawła II. Podczas audiencji generalnej na placu św. Piotra w Rzymie, o godz. 17.19 uzbrojony napastnik Mehmet Ali Agca, oddał w stronę Ojca Świętego strzały. Wybuchła panika, a papieża, ciężko ranionego w brzuch i w rękę natychmiast przewieziono do kliniki w Gemelli, gdzie rozpoczęła się kilkugodzinna dramatyczna walka o jego życie. Cały świat w ogromnym napięciu śledził napływające doniesienia. Wszyscy zadawali sobie pytanie, czy Jan Paweł II przeżyje.

Kard. Stanisław Dziwisz, wieloletni sekretarz Ojca Świętego był świadkiem tych wydarzeń. W rozmowie z Biurem Prasowym Archidiecezji Krakowskiej wspominał z jakiego powodu dokonano zamachu: niektórzy obawiali się Jana Pawła II, uznano go za niebezpiecznego ze względu na głoszone przez niego przesłanie. Panowało wtedy przeświadczenie, że przyszłość należy do marksizmu, a komunizm rozprzestrzeniał się w Europie. – Jan Paweł II wszystko to odwrócił. Stwierdził, że przyszłość należy do solidarności międzyludzkiej, miłości, sprawiedliwości, wolności sumienia, człowieka i narodów – powiedział kardynał.

Jak podkreślił, papież Polak był zawsze otwarty na wiernych. – Papież lubił człowieka. Jego miłością był Jezus Chrystus, jednak również zawsze traktował z wielką miłością ludzi (…) on się cieszył ze spotkań z nim, a oni z tego bardzo korzystali – wspominał kardynał. 13 maja 1981 roku Ojciec Święty, kierując się tą miłością do wiernych, objeżdżał plac św. Piotra, by pozdrawiać zebranych pielgrzymów. To właśnie wtedy z tłumu padły zdradzieckie strzały, a papież osunął się bezwładnie w ramiona Stanisława Dziwisza. Natychmiast przewieziono go do szpitala - wspomina emerytowany metropolita krakowski.

Swoje cierpienie Jan Paweł II ofiarował w intencji Kościoła i świata. – Byłem po zamachu w karetce. gdy jeszcze miał świadomość, modlił się coraz bardziej cicho. I słyszałem jak ofiarował to cierpienie za sprawy Kościoła, a także o to, by zachowano troskę o życie człowieka – mówił kardynał.

Jan Paweł II nie pytał, kto dokonał zamachu, ale przebaczył mu już przed wejściem do kliniki. W swojej książce Pamięć i tożsamość pisał: „Pamiętam tę drogę do szpitala. Zachowałem jeszcze przez pewien czas świadomość. Miałem poczucie, że przeżyję. Cierpiałem, był powód do strachu, ale miałem taką dziwną ufność. Mówiłem do ks. Stanisława, że wybaczam zamachowcowi”.

W szpitalu z powodu upływu krwi stracił przytomność. Lekarze stwierdzili, że ciśnienie spada, a bicie serca jest coraz mniej odczuwalne. Poproszono ówczesnego sekretarza Jana Pawła II – Stanisława Dziwisza, o udzielenie Ojcu Świętemu na sali operacyjnej sakramentu chorych, przygotowującego go do śmierci.

Po udanej operacji papieża spotkało kolejne niebezpieczeństwo: rozwijający się po przetoczeniu krwi wirus cytomegalii stanowił według lekarzy ogromne zagrożenie dla jego życia. Podkreślali, że stopień zakażenia jego organizmu przekraczał znane im przypadki śmiertelne. Rekonwalescencja trwała długo. Jan Paweł II stwierdził, że data zamachu zbiegała się z rocznicą pierwszego objawienia fatimskiego. Papież powiedział: „Nie wiem, kto włożył pistolet w rękę strzelca, wiem jednak, kto zmienił lot kuli”. Uważał, że to Fatimskiej Pani zawdzięcza swoje życie. 1991 roku u jej stóp mówił: „Byłaś mi Matką zawsze, a w sposób szczególny 13 maja 1981 r., kiedy czułem przy sobie Twoją opiekuńczą obecność”.

Ostatecznie Ojciec Święty pożegnał się z kliniką 13 sierpnia 1981 roku. Doświadczenie dramatycznego zamachu przyniosło za sobą konkretne owoce: papież zapoznał się z tajemnicami fatimskimi, odbył pielgrzymkę do Fatimy i zawierzył Europę oraz Rosję Nieokalanemu Sercu Maryi. Pocisk, którym został raniony złożył jako wotum do sanktuarium fatimskiego, został on umieszczony w koronie figury Matki Bożej z Fatimy.