Kościół w Boliwii przeżył wielki wstrząs, kiedy pod koniec kwietnia opublikowany został dziennik zmarłego przedwcześnie w 2009 r. hiszpańskiego jezuity ks. Alfonso Pedrajasa. Przyznaje on w nim, że przez 40 lat wykorzystywał seksualnie nieletnich uczniów oraz seminarzystów. W sumie wymienia 85 ofiar. Dziennik pozwala też zidentyfikować przełożonych zakonnych, którzy wiedzieli o zbrodniczej działalności ks. Pedrajasa, ale nie odsunęli go od pracy z młodzieżą. Po upublicznieniu tej sprawy do prokuratury wpłynęło 12 innych skarg na wykorzystywanie w środowisku kościelnym. 3 z nich dotyczą nieżyjących już hiszpańskich kapłanów. Prezydent Luis Arce napisał w tej sprawie do Franciszka długi list.

Odpowiadając prezydentowi, Papież zapewnia o swym ubolewaniu i zawstydzeniu wobec ujawnionych faktów. Wskazuje też na zaniedbania przełożonych i potrzebę naprawienia wyrządzonych krzywd. Przypomina o obowiązkach Kościoła w zakresie ochrony nieletnich.