W pogodny sobotni rzymski wieczór 12 lutego 2011 r. Mszą św. w kościele polskim pw. św. Stanisława Biskupa Męczennika przy ul. Botteghe Oscure rozpoczęła się pierwsza stacja pogrzebowa abp. Józefa Życińskiego. Licznie przybyła Polonia rzymska, obecni byli diecezjanie lubelscy oraz siostry zakonne z różnych zgromadzeń, posługujące w Wiecznym Mieście lub na Watykanie. W Eucharystii uczestniczyła również ambasador Polski przy Stolicy Apostolskiej Hanna Suchocka. Uroczystości żałobnej przewodniczył prymas Polski abp Józef Kowalczyk. Do koncelebry włączyli się polscy kardynałowie: Zenon Grocholewski - prefekt Kongregacji Edukacji Katolickiej oraz Stanisław Ryłko - przewodniczący Papieskiej Rady ds. Świeckich, a także polscy biskupi: Edward Nowak i Szczepan Wesoły. Był obecny również prefekt Kongregacji Nauki Wiary kard. William Joseph Levada. Licznie przybyli polscy księża studiujący lub pracujący w Rzymie.
Trumna z ciałem zmarłego nagle Metropolity Lubelskiego została wcześniej przeniesiona z Domu Rzymskiego dla Kleru do polskiej świątyni. Na trumnie ustawiono kielich, patenę i stułę, było również zdjęcie z ostatniego spotkania abp. Życińskiego z papieżem Benedyktem XVI, w poniedziałek 7 lutego br. Śmierć Arcybiskupa Lubelskiego zastała w Rzymie abp. Józefa Kowalczyka i ks. prof. Andrzeja Szostka z KUL-u. Jak zaznaczył rektor kościoła polskiego, a zarazem szef Sekcji Polskiej watykańskiego Sekretariatu Stanu ks. prał. Paweł Ptasznik, Msza św. żałobna w tej świątyni była pożegnaniem abp. Józefa Życińskiego z Rzymem.
- Kochał życie, kochał swoje powołanie i służbę duszpasterską - powiedział w homilii Prymas Polski. - Miał szerokie plany posługiwania ludowi Bożemu, szerokie plany pracy naukowej, żywo interesował się życiem Kościoła w Polsce i życiem Kościoła powszechnego. Ta nagła i niespodziewana śmierć zaskoczyła nas wszystkich. Słusznie więc ktoś powiedział: „Tego, co się stało, nie zrozumiemy, pozostaje nam tylko wiara. Bóg ma jakieś zamiary”. Modlę się za niego i za cały Kościół w Polsce, który poniósł wielką stratę - mówił abp Kowalczyk. Przypominając sylwetkę zmarłego Arcybiskupa, wspomniał jego zasługi w dziedzinie nauki, dla obu diecezji, którym posługiwał: tarnowskiej i lubelskiej, a także dla dialogu ekumenicznego. Przytoczył słowa, które zwykł powtarzać abp Życiński, że choćby miał żyć krótko, to i tak woli żyć intensywnie. Ta jego przepowiednia krótkiego życia spełniła się nagle w Rzymie.
Kard. Grocholewski powiedział: - Odszedł do Pana, pełniąc służbę wobec Stolicy Apostolskiej i Kościoła powszechnego. Przybył bowiem na sesję plenarną Kongregacji Edukacji Katolickiej. Relacjonował nawet delikatne problemy związane z formacją kapłanów, co się stało podstawą do dyskusji między członkami Kongregacji.
W słowie pożegnalnym ks. Ireneusz Korzeniowski z Papieskiej Rady ds. Nowej Ewangelizacji mówił o zmarłym Arcybiskupie, że był profesorem, ale czuł się zawsze uczniem w szkole Chrystusa i dobrze zdał egzamin z wiary oraz ze służby Bogu i człowiekowi.
Po Mszy św. trumna z ciałem abp. Życińskiego została przeniesiona do kaplicy w budynku przy kościele polskim, gdzie wierni mogli pożegnać Zmarłego. Wśród przybyłych byli księża greckokatoliccy, którzy w Lublinie ukończyli seminarium.