Wojska hitlerowskie wkroczyły do Częstochowy 3 września 1939 r. W tzw. krwawy poniedziałek 4 września 1939 r. żołnierze Wehrmachtu i funkcjonariusze SS urządzili na ulicach łapanki. Swoje ofiary zgromadzili w kilku miejscach Częstochowy, m.in. na placu przed katedrą, przy ulicy Strażackiej, na obecnym placu Biegańskiego oraz placu Daszyńskiego. Przed katedrą strzelano w zbity tłum ludzi z karabinów maszynowych, przed ratuszem zabijano pojedynczymi strzałami w tył głowy. Pomordowanych pochowano na cmentarzu Kule. Całkowitą liczbę ofiar zdarzeń 4 września 1939 r. szacuje się na 300-500 osób.

Już w dniach 1-3 września w pobliżu Częstochowy doszło do jednej z największych bitew kampanii wrześniowej. Na polach wsi Mokra Wołyńska Brygada Kawalerii dowodzona przez płk. Juliana Filipowicza zniszczyła ponad 100 czołgów i pojazdów mechanicznych nieprzyjaciela.

W okresie II wojny światowej ogromny dramat spotkał częstochowskich Żydów. Zagłada „dużego getta” rozpoczęła się 21 września 1942 r. i kosztowała życie blisko 30 tys. ludzi.

Już 1 września 1939 r. o godz. 4.40 niemieckie lotnictwo przeprowadziło atak bombowy na Wieluń. Rozkaz zbombardowania Wielunia wydał generał major Wolfram von Richthofen – odpowiedzialny za zbombardowanie Guerniki były szef sztabu, a potem dowódca Legionu Condor; we wrześniu 1939 r. dowódca niemieckiego lotnictwa szturmowego, które w 1939 r. bezlitośnie bombardowało również Warszawę.

Najtrudniejsza sytuacja dla polskiej ludności katolickiej, w okresie II wojny światowej,była w tzw. Kraju Warty (Reichsagau Posen, Wartheland, Warthegau), do którego została włączona część diecezji częstochowskiej, w powiększonym powiecie wieluńskim. Od samego początku kapłani z terenu ziemi wieluńskiej zostali poddani represjom. Już 9 listopada 1939 r. Niemcy aresztowali 7 kapłanów katolickich i pastora ewangelickiego z Wielunia. 6 października 1941 r. wszyscy kapłani zostali aresztowani i wywiezieni do obozu przejściowego w Konstantynowie k. Łodzi, a stamtąd do obozu koncentracyjnego Dachau. W sumie do obozu w Dachau zostało wywiezionych 55 kapłanów z ziemi wieluńskiej (w tym 2 zakonników).

2 września 1939 r. śmierć męczeńską z rąk Niemców poniósł ks. Bonawentura Metler – proboszcz parafii w Parzymiechach i twórca Obserwatorium Astronomicznego w Częstochowie.

W latach 1939-45 zostało zamordowanych 61 duchownych diecezji częstochowskiej, w tym dwóch kapłanów wieluńskich: ks. Maksymilian Binkiewicz i ks. Ludwik Gietyngier, którzy zostali beatyfikowani przez Jana Pawła II w dniu 13 czerwca 1999 r. w Warszawie.